Trường THCS Nguyễn Bỉnh Khiêm được thành lập tháng 8 năm 2006 trên địa bàn Thôn Quảng Hội 2 - Xã Vạn Thắng - Huyện Vạn Ninh, Tỉnh Khánh Hòa. Phần lớn HS và GV năm học 2006-2007 được chuyển đến từ trường THCS Trần Phú (Vạn Bình - Vạn Ninh - Khánh Hòa) với qui mô 12 lớp.

Đến tháng 8 năm 2008 trường được xây dựng xong trên địa bàn Thôn Phú Hội 2 - Xã Vạn Thắng - Huyện Vạn Ninh - Tỉnh Khánh Hòa. 

Từ năm học 2008-2009 đến nay trường được biên chế với qui mô 30 lớp. Tập thể GV và HS không ngừng nổ lực phấn đấu trong công tác dạy - học và các hoạt động khác. Đặc biệt từ năm học 2013-2014 đến nay trường luôn đạt thành tích cao trong các hội thi GV giỏi, HS giỏi và phong trào văn nghệ, thể thao, ... Nhiều năm liền đạt tập thể lao động xuất sắc, được UBND tỉnh Khánh Hòa tặng bằng khen.